川崎病急性期心血管表现可以很明显，而且是决定该病病死率的主要原因。
1、心脏表现  在急性期，心包、心肌、心内膜、瓣膜和冠状动脉均可受累。可以出现心力衰竭、心肌炎、心包炎、瓣膜返流。小婴幼儿川崎病患者的心脏听诊常常发现心动过速、奔马律和血流杂音，后者是由于贫血、发热和心肌炎心脏收缩功能受损所引起。明显的二尖瓣返流可引起典型的广泛收缩期返流杂音，有时川崎病患者心脏功能很差时可发生低心排综合征或休克。
2、动脉瘤
心血管病变主要涉及心脏和全身中小动脉，尤其是冠状动脉多被侵犯，部分患儿可形成冠状动脉瘤，如冠状动脉瘤发生钙化、狭窄及血栓，可导致心肌梗死甚至猝死。
冠状动脉炎多致冠状动脉扩张，其中一部分发展为冠状动脉瘤，目前尽管早期应用大剂量丙种球蛋白治疗，但仍有5％～8％的川崎病患者发生冠状动脉瘤，其中有4％的患者进展为缺血性心脏病，若未经治疗，川崎病并冠状动脉损害可达25％。冠状动脉瘤临床表现常无心血管系统症状和体征，最早于发病第3天即可测得冠状动脉瘤，第2～3周检出率最高，8周以后很少出现新的病变。全身(体)动脉瘤的主要部位为腋、髂、肾和肠系膜动脉等。
目前，临床上对于川崎病并冠状动脉损害的高危因素分析从临床指标和分子生物学角度进行研究，原田评分法是最早用于预测川崎病冠状动脉损害的指标；2006年Kobayashi等提出了最新的川崎病并冠状动脉损害的高危评分指标：(1) 血钠≤133 mmol/L (2分)；(2) 天冬氨酶氨基转移酶≥100 IU/L (2分)；(3) 血中性粒细胞分类≥0.80 (2分)；(4) 丙种球蛋白开始治疗时间在病程4天内 (2分)；(5) C-反应蛋白≥100 mg/L (1分)；(6) 血小板≤300×10⁹/L (1分)；(7) 年龄≤1岁 (1分)。总积分为11分，如果综合评估积分在7分以上，则为川崎病并冠状动脉损害的高危人群。目前普遍认为发病10天后应用丙种球蛋白是川崎病冠状动脉损售的危险因素，同时对丙种球蛋白治疗无反应亦视为川崎病冠状动脉损害的高危因素。另有研究显示，低血钾是形成巨大冠状动脉瘤（＞8 mm）的独立危险因子。近来随着分子技术的发展，人们也开始试着定位基因。有多项研究显示，基质金属蛋白酶3基因的5A多态性与川崎病合并冠状动脉损害密切相关，该基因携带者的分布频率在冠状动脉瘤患者中明显高于健康对照人群，提示基质金属蛋白酶3基因的5A基因型可作为川崎病合并冠状动脉损害易感性的基因标志之一。
3、心肌梗死
川崎病并发冠状动脉瘤发生心肌梗死约占1%～2%，常突然发病，多于病程1年内(尤其病程3～4周内)发生，临床表现有以下特点：①多在休息安静或睡眠中突然发生。②多表现为休克，心力衰竭，烦躁及腹痛，呕吐等消化道症状；婴儿主诉胸痛者少（可能与年龄有关），亦可表现呼吸困难、心力衰竭及心律失常；③无症状者占较大比例，此为川崎病并发心肌梗死的特征。④心肌梗死预后与再梗次数及冠状动脉阻塞部位有关。心肌梗死的诊断主要依靠心电图检查（心肌缺血或梗死改变），超声心动图及冠状动脉造影。
并发心肌梗死的高危因素有：①冠状动脉瘤最大径＞8mm以上。②冠状动脉瘤形态为囊状、念珠状、香肠状。③急性期发热持续21天以上。④急性期单独使用糖皮质激素；⑤发病年龄2岁以上。