病程因病情轻重长短不一，临床一般分为三期。 第一期为急性期，一般病程约1～10天，发热，体温较高，病儿极度烦躁，经常与高热的程度不成比例，双侧结膜充血通常是此阶段早期特征，其他主要症状于发热后即陆续出现。可发生心肌炎，临床以轻症或亚临床表现为主，多数无特异症状，个别发生严重心肌炎。 第二期为亚急性期，一般病程约11～21天（10-28天），多数体温下降，症状缓解，指趾端出现膜状脱皮及血小板增多为其特征。重症病例仍可持续发热。冠状动脉病变在此期表现突出，发生冠状动脉瘤，可导致心肌梗塞、动脉瘤破裂。 第三期为恢复期，恢复早期：一般为病程的28～60天；恢复晚期：数月～数年。大多数病人在第4周进入恢复期，临床症状消退，C-反应蛋白，血小板和血沉恢复正常。如无明显冠状动脉病变即逐渐恢复；有冠状动脉瘤则仍可持续发展，可发生心肌梗塞或缺血性心脏病。少数严重冠状动脉瘤患者进入慢性期，可迁延数年，遗留冠状动脉瘤、狭窄或阻塞，发生心绞痛、心功能不全，缺血性心脏病，可因心肌梗塞而危及生命。