川崎病的鉴别诊断在临床工作中十分重要，因为川崎病的临床表现为非特异性，所以在诊断中需要排除其他疾病，特别是发热伴出疹性疾病。需鉴别的疾病包括：
1、猩红热：猩红热常有流行病学接触史，表现为特征性的皮肤损害，皮疹一般于发热24小时左右，迅速出现，24小时可遍及全身。面颊部潮红，无丘疹，而口周皮肤苍白，为口周苍白圈。于皮肤皱褶处，皮疹密集，色深红，间有针尖大之出血点，形成深红色横行“帕氏征”(Pastia's sign)。病程一周皮疹消退后皮肤开始脱屑，可显手套袜套状脱屑。其超声心动图检查缺乏典型的冠状动脉损害，咽拭子培养A组链球菌阳性，对青霉索或B内酰胺类制剂疗效敏感，以上特点有助于与川崎病的鉴别。
2、麻疹： 患者常常有流行病学接触史，卡他症状明显，口腔黏膜呈现麻疹黏膜斑，一般在发热的第3-4天，出现玫瑰色斑丘疹，自耳后、发际及颈部开始，渐及前额与颊部。然后自上而下，急速蔓延全身，最后到四肢。不伴有杨梅舌以及手掌和足底的硬性水肿，外周血WBC正常或降低，血清麻疹病毒IgM升高，均有助于鉴别诊断。
3、风疹  前驱期半天或一天，表现为低热或无热，上呼吸道卡他症状轻。耳后和枕部淋巴结肿大、压痛。通常于发热第1~2日即出现淡红色小斑丘疹。出现迅速，一般由面、颈部延及躯干和四肢，往往第1日即布满全身。无杨梅舌以及手掌和足底的硬性水肿。
4、幼儿急疹  发病急骤，体温突然升高，多在39℃以上，一般持续3～5日后体温骤降。皮疹多出现于体温骤降之后，少数于热度将退时出疹。皮疹类似麻疹与风疹，腰部臀部较多，面、肘、膝以下则少。颈周围淋巴结肿大较普遍，尤以枕骨下及颈后淋巳结为明显。1～2日消退，不脱屑，不留色素沉着。血白细胞计数明显减少，分类计数淋巴细胞明显增高。
5、肠病毒感染  最常见的是埃可病毒和柯萨奇病毒感染，前驱期3～4日，表现为发热、头痛、咽痛、肌痛、结膜炎，出疹时体温不降，皮疹类似风疹，呈全身散在分布的红色小斑丘疹，疹退后无脱屑，无色素沉着。无手掌和足底的硬性水肿。血沉和C-反应蛋白正常。大便、咽拭子、血液、脑脊液病毒分离，血清中和试验可确定诊断。
6、渗出性多形性红斑  发热当日或间隔数日后出现皮疹。初起时多为不整齐的红斑，大小不一，稀疏或融合。红斑扩大，其中心渐青紫，与周围的鲜红色形成对照，同时可见斑疹、丘疹、荨麻疹与紫癜等，大小疱疹常见，偶或发生局部水肿，有时在斑丘疹的中央发生疱疹，皮肤表面可有结痂。重症除皮肤表现广泛、严重的损害外，尚见广泛的黏膜病变和内脏受累，口腔黏膜红肿，发生疱疹出血、溃疡及白色假膜，分泌脓液。影响吞咽及进食。眼睑红肿，畏光，结膜可发生疱疹及白色假膜，角膜可见溃疡。白细胞一般增多，中性粒细胞及嗜酸粒细胞增多。川崎病很少见到疱疹，无溃疡、结痂，眼、唇无脓性分泌物及假膜形成。本病可呈现黏膜溃疡性损害和(或)疱状皮肤损害，据此有助于与川崎病鉴别。
7、幼年特发性关节炎（全身型）：该病也可表现为发热、皮疹、浅表淋巴结肿大、外周血WBC升高，但是该病病程较长，持续数周至数月，高热初伴寒战，热退患儿活动正常。发热期常伴有一过性多形性皮疹，发热时明显，无热时消失，不留痕迹。关节痛，以膝关节多见，亦可见于腕、肘、踝关节，关节痛较固定。常不伴有杨梅舌、口唇皲裂、手掌和足底的硬性水肿、红斑以及皮肤脱皮等，超声心动图检查一般无冠状动脉损伤的典型表现。根据以上特点有助于与川崎病进行鉴别。
8、系统性红斑狼疮
是一种侵犯多系统和脏器的全身结缔组织的自身免疫性疾病。包括皮肤黏膜、肌肉关节、心脏、肾脏、神经、肺部及胸膜、胃肠道及血液等，甚至可以出现狼疮危象危及患儿生命。好发5岁以上女性，皮疹在面部显著，呈蝴蝶斑样对称分布，抗核抗体阳性。
9、结节动脉炎    为系统性疾病，病程长，临床表现复杂多样，有多脏器受损表现，发热、乏力、消瘦、腹痛、关节痛。有时可沿动脉血管摸到皮下小结，也可有瘀斑、网状青斑、水肿或溃疡，偶有指趾坏死。肾脏损害多见，多数病例血压增高，尿改变，严重的急性肾功能衰竭。
10、病毒性心肌炎
发病前1～3周往往有上呼吸道及肠道病毒感染症状如：发热、咳嗽、呕吐、腹泻肌肉酸痛等。心肌受累的症状，患儿主诉心前区不适，胸闷、胸痛、心悸、头晕、腹痛及乏力。心律紊乱以过早搏动多见，轻者无不适；频发者常有心悸、胸闷；严重心律紊乱可导致心力衰竭、昏厥、抽搐。重症患者可发生心源性休克。川崎病高热持续不退，冠状动脉病变突出，有特征性手足改变等有助于鉴别。
11、EB病毒感染：EB病毒感染也可表现为发热、浅表淋巴结肿大、皮疹、超声显示冠状动脉病变，但是该病不伴有杨梅舌、口唇皲裂、手掌和足底的硬性水肿、红斑以及皮肤脱皮等，血清EB病毒IgM抗体常可阳性。慢性活动EB病毒感染的特征：①病程持续3个月以上或反复出现发热、皮疹、淋巴结肿大和／或肝、脾大等临床表现；②EB病毒特异抗体：抗VCA-IgG抗体增加(≥l 280)，抗EA抗体阳性；③外周血淋巴细胞易检测出EBV基因；④重型有持续高热，肝脾肿大、肝功能异常显著，全血细胞减少或病毒相关性噬血细胞综合征。
12、耶尔森菌感染：虽然该病可表现为发热，超声显示冠状动脉病变，但常伴随腹痛、腹泻(水样或粘液样便，镜下可见白细胞)等小肠结肠炎症状，严重者可出现急性肾功衰竭，病原学检查可以为阳性，粪便细胞培养和血清抗体上升160倍以上有助本病诊断。
13、药物超敏反应  能引起药物热和皮疹的药物较多，并随着新药种类的增多而增多。药物热是机体对药物的一种超敏反应，常与特异性体质有关。一般在用药后一周出现，常伴有皮疹。有用药史或以往用药后类似病史，有助于鉴别诊断。